En sortant les premiers, Lechero, Bellick et T-Bag sont repérés par les militaires et mis en joue. Scofield avait évidemment tout prévu, même si Mahone, qu'il ne porte pourtant pas dans son cœur, a préféré rester en arrière. Michael, McGrady, Whistler et le ripou du FBI se cachent sous les véhicules de l'armée et finissent par fuir en passant par un trou dans le grillage. Ils rejoignent Lincoln sur la plage et nagent jusqu'à une balise dans l'océan, en attendant le bateau de Sucre, qui est bloqué à Sona. Heureusement pour les fugitifs, le père de McGrady, Alphonso, est là. À Sona, Bellick est tabassé par les militaires. T-Bag violemment interrogé, balance Sucre. En ville, Mahone et Whistler échappent bientôt aux deux frères et Lincoln doit changer de lieu de rendez-vous avec Susan et ses hommes...

C'est le début de l'enfer pour Sucre et le commencement d'une voie vers la liberté pour le groupe de fugitifs. Certains chemins vont bientôt se séparer, alors même que ce n'était pas prévu pour tout le monde. Mahone échappe à la balle de Lincoln et Whistler tente de semer l'ancien ingénieur. Il faut dire que si l'intérieur de Sona était contrôlé par des criminels, l'extérieur l'est pratiquement par les bras armés du Cartel, notamment Susan/Gretchen. Pas de quoi être rassuré. L'ambiance de traque de la saison 2 se manifeste à nouveau, sauf qu'il y a des otages à sauver. L'ambiguïté de Whistler, qui a perdu son si précieux livre à Sona, ne fait qu'augmenter. Qui est-il vraiment ?