Lincoln finit par intercepter Whistler, après que celui-ci ait téléphoné à Gretchen/Susan. Les deux frères fixent un rendez-vous sur la place Francia. Mahone se rend dans un bar en fixant l'enseigne d'une banque. Alphonso et McGrady doivent passer un barrage policier. T-Bag tue bientôt Lechero, blessé. Avec l'argent de la sœur prostituée Mary Francis qu'il distribue aux prisonniers, il contrôle bientôt Sona. Sucre, qui échappe de justesse à la mort mais est enfermé dans la prison, s'en rend compte, comme Bellick...

Un season finale palpitant, où de nouvelles configurations se dessinent. T-Bag choisit plutôt de régner en Enfer qu'être fugitif (esclave) au Paradis. McGrady est bientôt sauvé. Comme C-Note la saison passée, il semble quitter définitivement les embrouilles du monde de Prison Break, auxquelles on est confronté dès qu'on approche Scofield de trop prêt. L'échange se fait dans des conditions particulières et l'intervention de la police permet aux deux frères de récupérer L.J. et Sofia, blessée. Whistler part avec Gretchen, rejoignant bientôt un autre protagoniste qui a caché son jeu, intégrant bel et bien le Cartel pour de l'argent. Quant à Michael Scofield, la disparition brutale de Sara l'a changé. Après trois saisons à fuir les autorités et combattre une machination sans jamais tuer de ses propres mains, il est désormais habité par la colère, voire la haine, à l'égard de Susan/Gretchen et plus généralement du Cartel. Ingénieur génial qui s'est improvisé braqueur et fugitif pour aider son frère, il semble vouloir désormais se muer en vengeur. Évolution intéressante du personnage. On attend avec curiosité une saison 4 qui n'aura logiquement plus grand-chose à voir avec les prisons et les évasions.